O Museu de Ciências Naturais é outro importante espaço pedagógico da Escola de Formação. Criado oficialmente em 1946, no Instituto da Educação de Minas Gerais (IEMG), seu acervo remonta a 1930, idealizado por Leopoldo Cathoud, naturalista e professor. Cathoud agregou um variado conjunto de coleções de física, química, astronomia, mineralogia, zoologia, botânica e paleontologia, alcançando 5000 (cinco mil) peças, aproximadamente, que narram a trajetória do ensino de ciência nas escolas. Em 2011, foi incorporado à Escola de Formação. O Museu tem se constituído como espaço para abrigar pesquisadores interessados no ensino experimental de ciências, para ações de capacitação de educadores e para atendimento aos alunos das redes pública e privada de ensino.